董卓来到洛阳勤王，竟然给予了刘协一番际遇，刘协在少帝刘辩继位之后，被封为陈留王。刘协为董太后抚养长大，虽然年幼，但远比刘辩更聪明更有气魄。董卓是董太后的同族，于是心中便产生了废掉刘辩，更立刘协的想法。他以迎少帝有功，扩大自己的势力，把持朝政。
中平六年（公平189年）九月初一，董卓率领公卿到崇德殿，强迫何太后诏策废除少帝，贬为弘农王；立陈留王刘协为帝，是为汉献帝。
董卓一到洛阳，便用其凉州兵团马上把洛阳控制住。朝中原来那些分属于袁绍、曹操的禁卫军，常年养尊处优，面对能征善战的凉州军队，一个个噤若寒蝉。袁绍知道已无能为力，只能逃走到自己的属地冀州，积极发展军队势力。而曹操则潜伏在洛阳，密谋一个良机。终于，他以宦官之后，迅速接近了董卓，并和大臣王允合议，诛杀董卓。王允将自己家族的宝刀赐予曹操，只盼他能够手刃董贼。可惜，董卓一直有其义子吕布保护。人言，人中吕布、马中赤兔。要在当时勇武天下第一的吕布面前杀死董卓，定比登天还难。
这日，董卓召曹操入其寝宫，为了奖赏他积极地支持自己，便命令吕布前去马厩挑选一匹最好的战马给曹操。酒过三巡，董卓不胜酒力，便在曹操面前睡去，他哪里知道，这个他认为最忠心自己的曹操，正欲谋害于他。可是，真的到了动手的时候，他却踌躇不定了。此番自己即使能够手刃董卓，也势必会招致更多的军阀来控制献帝，把持朝纲。但是如是不杀他，献帝就不能得到自由，汉室天下必将危亡，自己也会被千夫所指，永远不能出头。
曹操一代枭雄，此刻却陷入了两难之中，忽然，刀光一闪，董卓猛然惊醒：“曹操，你欲何为？”曹操见事情败露，忙急中生智，借口向董卓进献宝刀。董卓一时没有怀疑，放过了曹操，曹操当即离开董卓，杀了城门守将飞离洛阳。待得董卓醒悟过来，已经为时晚矣。
自此，曹操声名大振，虽然没有成功杀掉董卓，却使得天下士人归心，就连曾经捉住他的县令陈宫也放了他，虽然曾经曹操羞辱了陈宫，陈宫却因为其义举而誓死跟随曹操。可惜后来曹操“宁愿我负天下人，休叫天下人负我”的所作所为，为陈宫所不齿，便离开了曹操。
曹操既走，董卓高兴地发现，他控制首都就等于控制皇帝，控制皇帝就等于控制全国。朝中士大夫也有反对他的人，但是每次都被他以铁血政策所化解。士大夫工于权谋，却也有一个致命的弱点，就是缺少杀伐果断的勇略。因此，董卓不久便稳定了洛阳局势，连位居三公的王允也噤若寒蝉，不敢直视其目。
董卓本来只是西凉部队的将领，统辖范围不过几十个郡县，现在成了全国主宰，便如那乞丐突然成了亿万富翁。太快的形势变化，使他把政治看得过于简单。认为现在什么都有了，只缺少威望，而建立最大威望的最大妙法，莫过于把旧皇帝废掉，另立一个新皇帝。正好刘协甚合董卓的心意，朝中士大夫大多数也比较支持刘协即位。于是，董卓强迫刘辩退位，另立刘辩九岁的弟弟刘协上台。第二年，更把刘辩和他的母亲何太后杀掉。
董卓以为，自此自己便可以坐享其成，挟天子而号令天下，一时之间，天下无人可以制衡他。对大臣，董卓随时会杀其身、灭其族；对于后宫嫔妃，董卓亦是天天毁其身、败其誉。以为这样天下群臣百姓就会臣服在其淫威之下。可是董卓没有料到，蛮干不但不能建立威望，反而引起强烈反感，等于把攻击自己的刀柄授给敌人。果然，正苦于没有借口的敌人有了借口，各地反对董卓的武力，共组成十八镇诸侯，在东方集结，推举“四世三公”、军力最强的袁绍当盟主，以江东孙坚为前锋，讨伐董卓。
几番大战下来，董卓损兵折将，特别是上将军华雄被孙坚斩杀，更是让董卓内心极为恐惧。此外，董卓并不熟悉洛阳，他的根据地在关中（陕西中部），于是下令把首都迁到长安，距他进入洛阳只六个月。皇帝和人民，一齐踉跄上道。为了彻底执行，也为了不给诸侯留下任何实物，董卓纵火焚烧洛阳，自姬旦在洛阳筑城以来，经营了一千四百年的当时世界最伟大最繁华的都市，化成一片焦土，方圆一百公里以内，不见任何炊烟。居民仓促中向西搬移，既没有计划，又没有准备，举家搬迁，像押送囚犯一样，在联军争先进入洛阳之时，凉州兵团夹驰道旁，奔腾鞭策，马蹄的践踏和饥饿疾病，使死亡相继，洛阳长安相距直线五百公里，沿途堆满尸体，人人恨死了董卓，正是屠灭董卓的最好时机，可惜其他人要么目光短浅，要么实力不足（如刘备），只有曹操向孙坚借了五千骑兵，连带自己的三千家族骑兵，追击董卓而去，试图劫回献帝，可惜最终还是狼狈而回。
尽管洛阳化为一片瓦砾，董卓还是在有意和无意之间留下了皇权的象征物——玉玺。此物被十八镇诸侯联军的先锋孙坚所得，一时之间，甚为欢喜。黄盖、孙策等辈，无不向孙坚道贺。只有幼子孙权道破玄机，此物不但没有任何实际用处，反而会平白招来别人的嫉恨。后来曹操也极为同意孙权的看法，不由赞叹：“孙氏一族，满门英豪，可叹、可喜、可虑！”
后世也有附会当时曹操的想法：“天下英雄谁敌手，曹（曹操）刘（刘备），生子当如孙仲谋（孙权字仲谋）。”果不其然，孙坚匹夫无罪、怀璧其罪，在返回江东的途中，荆州牧刘表应袁绍所请，伏兵江上，孙坚死于非命。江东大权从此由长子孙策执掌。
眼见天子囿于董卓之手，西凉军兵强马壮，关中更是土地肥沃，居高临下，兵锋所指，中原无可抵挡。更兼有董卓爱将吕布保驾，一时之间，天下无人可以撼动董卓第一诸侯的地位。一个没有政治头脑的人偏偏坐在非有政治头脑不可的座位上，不啻坐在毒蛇的牙齿上。董卓的末日终于来临。
在王允精心谋划的唆使下，吕布叛变，把董卓刺死，屠灭董卓三族，董卓制约天下只有短短三年五个月，就此败亡。