刘协刚刚脱离了董卓的掌握，却又将自己置于郭汜之手。后来好不容易逃脱了郭汜的掌控，却又落入曹操的囊中，从此，再无转机。
事情要从董卓被灭开始说起。那时士大夫首领王允成为名副其实的领袖，被封为录尚书事，吕布晋升为奋威将军，二人共同主持朝政。可惜王允只是一个谋略家，却不是一个有远见卓识的政治家。那时皇帝的威信仍在，董卓死了之后，朝廷下令大赦，社会似乎又有恢复正常的可能性。
董卓手下大将牛辅，驻防陕县（今河南三门峡），不接受命令，击败前往接收他军权的政府部队。可是，不久他就死于军营中的一次夜惊。他属下的三个中级军官李傕、郭汜、樊稠，决心投降，但他们曾经在大赦令之后继续反抗政府，所以要求政府再下一次大赦令。王允以为江山已定，自己定可以率领群雄，不费吹灰之力地灭掉董卓残部，因而坚决拒绝三人的请求，他说：“刚刚大赦过，不到一个月，怎么可以再赦？”
三个军官见此，知道开弓没有回头箭，不是你死就是我亡，只有叛变到底，才能保证自己的身家性命不受威胁。王允没有料到，自己一个错误的决定，竟然激起了西凉军士的同仇敌忾之心，他们向首都进军，一路所向披靡，不久便攻陷长安。霎时间，王允成了叛徒，就在长安城下，被执行死刑。吕布则率领军队逃出。三个叛军首领则成了国家正式高级官员，昂然地下令镇压叛徒。
三人虽然善于带兵打仗，却并非雄主明君，在攻陷长安之后，李傕升为车骑将军、开府、领司隶校尉、假节、池阳侯，后李傕又升为大司马；郭汜为后将军、美阳侯；樊稠为右将军、万年侯；张济被封为镇东将军、平阳侯，外出屯驻在弘农。在这期间，汉献帝刘协亦在积极谋划，不甘心做一个傀儡，眼见朝中无人可用，便积极地收揽人心。
兴平元年（公元194年），三辅大旱，这时候谷一斛值钱五十万，豆、麦一斛值钱二十万，人又互相残食，白骨堆积。皇帝让侍御史侯汶拿出太仓中的米和豆，让饥民做糜粥来充饥，但是经过几日还不见饿死的人数有所减少。皇帝怀疑分发救济中有人弄虚作假，于是亲自在御座前量试米豆做成糜粥，才得知其中确有不实之处，便派侍中刘艾出官责让有关主管人员。于是尚书令以下各级官员都到省阁谢罪，奏言收捕侯汶以审查其实情。皇帝下诏书说：“不忍心把侯汶交给司法部门处理，可杖打五十。”自此之后，百姓大多得到赈济保全。长安城内，人人赞扬献帝刘协的仁君风范。郭汜等人有鉴于此，加紧控制刘协，其权力受到极大的限制。
这年八月，冯翊羌反叛，侵犯属县，郭汜、樊稠率兵马打败了他们。屯于郿城的征西将军马腾和屯于金城的镇西将军韩遂与朝臣种邵、马宇、刘范（刘焉之子）联系，借机袭击长安，李傕派郭汜、樊稠以及侄子李利与马腾、韩遂在大战于长平观下。由于郭汜部将兵士都是西凉勇士，兼且在军队数量上也超过了马腾所部，不久马腾、韩遂大败，被斩杀一万多人，马腾、韩遂从此退回凉州。直到曹操成为天下第一诸侯，攻打孙刘联盟之时，他才率军攻袭曹操所设都城许昌。眼见一时之间，朝廷无力完全诛灭马腾，不久便下诏赦免马腾等人。四月，以马腾为安狄将军，韩遂为安降将军。
至此，长安初定，李傕、郭汜、樊稠等人一起总领朝纲，可是一山不容二虎，三年之后，为了争夺最高统治权，郭汜等人不顾曹操、公孙瓒、袁绍、袁术、孙策等人虎视眈眈，李傕、郭汜把樊稠杀掉，接着李傕、郭汜也反目成仇。李傕劫持皇帝刘协，郭汜劫持文武大臣，就在长安城中对垒攻杀，五个月中，死伤数万人。长安成了恐怖与饥饿的鬼城。后来由另一位大将张济从中调解，两大军阀才同意释放刘协和群臣，让他们东返洛阳。长安城空四十余日，强壮的人向外逃散，老弱互相杀害煮食。两三年之内，关中很少看见行人。长安紧接着洛阳，成为第二个遭到浩劫的都市。军阀争战之祸，实在是令人发指。
刘协和群臣刚逃出长安，李傕、郭汜二人才翻然悔悟，自己竟然愚不可及地放掉了护身符，放掉了这个可以统领群雄、号令天下的信物。于是，二人马上又化敌为友，飞马追赶刘协。刘协像被缉捕的盗贼一样，亡命奔逃数百里。携群臣老弱，历时几个月的时间，到第二年才算逃到洛阳。刘协与群臣星夜离开长安，妄想到达洛阳之后，重新中兴汉室，可当他们到达洛阳之后，眼见满目疮痍，一堆瓦砾，顿时伤心不已，有甚者更是老泪纵横。没有房屋住，也没有东西吃，高级官员们亲自到野外捡柴挖菜，有些就在断瓦残垣间饿死。有些怀中有珠宝的，就被士兵抢劫后杀死灭口。御前会议也只能在废墟上举行，这时，皇帝的权威荡然无存，全国被大小诸侯割据，南有荆州刘表，交州士燮，中有徐州吕布，东有江东孙策，益州（西川）有刘璋，兖州有曹操，豫州有袁术，冀州有袁绍，幽州有公孙瓒，辽东有公孙度，西北有汉中张鲁，西凉马腾。一时之间，全国十三个州，除交州之外，混战遍及十二个州。
以上诸侯全体都是政府官员，他们都怀有称王地方之心，因而对于汉室政权，也只是名义上承认，但私下里却从没有任何的行动。当刘协逃回洛阳，正狼狈不堪时，竟然没有一个军阀运送一粒粮食或一文金钱，使得献帝和群臣过着比乞丐还不如的生活。袁绍的谋士许攸曾经建议他将天子接到自己的封地，袁绍不为所动，因为他认为那等于凭空弄了一个管辖自己的主人坐在自己头上，只有傻子才干。唯一的英雄人物是曹操，刘协逃回洛阳的次月，曹操就率领他的兖州兵团抵达洛阳。给予刘协和群臣的第一件东西，不是美女、亦不是金银财宝，而是一碗热肉汤。当时群臣百官连带献帝都大呼曹操是忠臣，可是他们哪里知晓，曹操虽是治士之能臣，亦是乱世之奸雄。有此良机，安能不挟天子以令诸侯？
不等众人同意，曹操便以洛阳太过于残破，无法居住为理由，迁都到他的根据地许县（今河南许昌）。向全国各镇诸侯大肆封赐爵位，这时他们才意识到，曹操捡了一个大便宜，此时封赏的诏令不接，便是乱臣贼子；但若是接受，以后曹操在发布对于他们不利的诏令，接与不接便进退维谷了。特别是袁绍，此刻已经灭了公孙瓒，雄踞天下四州，手下兵士百万、战将千员，已经成为天下第一大诸侯，失去献帝，便成了名不正言不顺。懊恼之余，唯一的办法是硬着嘴巴宣称曹操劫持皇帝。
曹操在生前对群臣所说的最后一句话便是：“天下人昨天看错了我曹操，今天又看错了，也许明天你们还会看错。但是我，却依然是我！”
无论天下人如何评判曹操，他心中自有一番计较。任你东西南北风，我自岿然不动，曹操的个人逻辑每每出人意料，为传统儒学所不容，因而赋予其奸雄之称。
曹操不愧为一代雄主，在获取献帝之后，在政治上向各方诸侯进攻，依靠政治上的优势，使得军事上的不足得到很大的弥补。
初平三年（公元192年），青州黄巾军大获发展，连破兖州郡县，阵斩兖州刺史刘岱。济北相鲍信等人迎曹操出任兖州牧。曹操和鲍信合军进攻黄巾军。不久鲍信战死。曹操“设奇伏，昼夜会战”，终于将黄巾击败。自此获降卒三十余万，人口百余万。曹操收其精锐，组成军队，号青州兵，实力大增。此后，他又击破吕布，挺进徐州。
眼见曹操日益壮大，袁绍终于坐不住了。在灭杀了公孙瓒之后，势力大增，如果不出意外，灭掉曹操指日可待。于是，袁绍便用对付董卓的办法对付曹操，他发动勤王军事行动。但是此刻各方诸侯心中都有自己的小算盘，都不愿意助袁绍灭了曹操，因为那样一来，天下为数不多可以与袁绍争雄的曹操就会灭亡，群雄就会被袁绍以秋风扫落叶之势屠尽。只有刘备率领为数不多的兵士前来相投。
其实在此之前，刘备曾想前往许昌晋见献帝，刘备素以汉室后人自居，亦以锄强扶汉为己任，此番曹操将献帝拘役，自己只能帮助袁绍灭了曹操，才能够解救献帝。刘协迁都许县后四年，即建安五年（公元200年），曹操和袁绍在官渡（河南中牟东北古鸿沟渡口）决战。当时曹操和袁绍在军力上悬殊巨大，袁绍具有绝对优势。兼且曹操劳师远征，粮草军械严重不足，当此之时，曹操谋士司马荀彧极力劝解曹操破釜沉舟，不要撤兵。恰逢袁绍之谋士许攸进言灭曹，袁绍却由于其子病重而耽误军事，许攸大骂其为庸主，被袁绍贬谪，心中郁闷难当，便来投曹操这儿时玩伴，并献计烧毁袁绍军粮重地乌巢。败讯传来，袁绍军队大乱方寸，随即大败。大将张郃、高览等人率部投降曹操。袁绍弃军逃回黄河以北。曹军大获全胜，斩首七万余级，尽获袁军辎重图书珍宝。曹操清点袁绍书信，得到自己部下勾结袁绍的信，尽烧之，说：“当绍之强，孤犹不能自保，而况众人乎！”曹操趁势进兵，终于在建安九年（公元204年）占领了冀州，成为天下第一诸侯。但是袁绍的势力并没有彻底肃清。袁绍之子袁尚、袁熙皆逃奔三郡乌桓。建安十二年（公元207年），曹操为了肃清袁氏残余势力，也为了彻底解决三郡乌桓入塞为害问题，决定远征乌桓。最后彻底击溃乌桓。
自此，曹操基本肃清了北方，天下十三州他已经居其半。本欲就此一统天下，成就功名大业，可惜时局不明，军事上的严重错误，导致赤壁之战的大败。
此间的献帝刘协也加紧了活动的步伐，力图摆脱曹操的控制。袁绍败军之前，曹操将刘关张三人引到自己的都城许昌，天子见有机可循，直接称呼刘备为皇叔，并为其封侯。以求培植忠于自己的势力。并且在暗中用衣带写下血诏，号令天下诸侯勤王讨贼。刘备在与曹操煮酒论英雄之后，便知道曹操必定不会容自己存活于世，此番正好名正言顺地为天子讨逆。哪知事情败露，献帝妃子东贵人之父董承等人都被曹操诛杀，怀孕的董贵人也被绞杀。伏皇后畏惧曹操，于是写信给她的父亲伏完，尽数曹操残暴不仁之事，希望伏完能够效仿董承，铲除权臣，但伏完始终未敢行动。自此，曹操无论是军事上还是政治上都得到了强盛和稳固，为以后的天下一统奠定了雄厚的基础。